L’espace le plus intérieur n’était pas une chambre publique.

Les prêtres de Salomon amenèrent l’Arche dans la pièce la plus intérieure, sous les ailes des chérubins. Elle contenait les deux tables de pierre, et rien d’autre.

La Torah décrit deux chérubins d’or se faisant face au-dessus du couvercle de l’Arche, et la promesse de Dieu de rencontrer Moïse et de lui parler d’entre eux.

La tradition rabbinique compte l’Arche parmi cinq choses manquant au Second Temple. La Michna consigne des traditions sur l’endroit où elle fut cachée ; le Talmud rapporte une controverse : fut-elle cachée ou exilée ?

À sa place se trouvait une pierre datant des premiers prophètes, appelée shetiya, à trois doigts au-dessus du sol. À Yom Kippour, le Grand Prêtre y posait l’encensoir.

Seul le Grand Prêtre, seulement à Yom Kippour, seulement au moment du service. Il passait entre les deux rideaux avec l’encens et les braises, et la pièce se remplissait de fumée. Sa prière à l’extérieur était brève, pour ne pas alarmer le peuple qui attendait.

Aucune source sur laquelle s’appuie le site ne dit avec certitude que l’Arche sera retrouvée ou restaurée. Jérémie prévoit même un temps où l’on n’en parlera plus et où on ne la regrettera plus ; les commentateurs lisent ce verset de diverses manières.

Le site ne représente jamais l’Arche, dans aucun Temple.